Když začala povodňová vlna nabírat koncem května 2013 v jižních a středních Čechách na síle, bylo stále více jisté, že se voda dostane po letech opět i do Terezína a tudíž i do terezínského Památníku. V pondělí 3. června proběhla v Památníku Terezín evakuace níže položených expozic, depozitářů, archivu a kanceláří. Kde to bylo možné, byly umístěny protipovodňové zábrany. Památník se stejně jako celý Terezín uzavřel a už bylo možno jen čekat, co bude dál. Voda pomalu postupovala. Postupně byl průsakovou vodou zatopen IV. dvůr v Malé pevnosti, popraviště, tzv. podzemní chodba. Voda se objevila i ve sklepě v tzv. Panském domě. Zcela zatopený byl Židovský hřbitov s krematoriem, Kolumbárium a Ústřední márnice.
Díky protipovodňovým bariérám kolem Terezína se voda do samotného města nedostala. V suchu tak zůstalo Muzeum ghetta, Magdeburská kasárna, bývalá modlitebna v Dlouhé ulici a také replika mansardy. Ačkoliv již od 6. června voda nestoupala, muselo se čekat, až se řeky zklidní a vrátí do svých koryt. Terezín zůstával stále odříznut od okolního světa. Po týdnu se začala situace zlepšovat a již v pondělí 10. 6. bylo možné vracet vystěhované sbírkové předměty zpět do na svá místa v expozicích, dokumenty a sbírky do depozitářů. 12. června 2013 jsme v branách Památníku opět uvítali návštěvníky.
Provoz je však díky rozsáhlým škodám na některých místech Památníku omezený. Postupně jsou zpřístupňovány jednotlivé – nejvíce postižené objekty, např. krematorium na Židovském hřbitově, jež bylo povodní zasaženo nejvíce a voda zde dosáhla výšky bezmála 3 metrů. Podobně zatopen byl též objekt bývalé Ústřední márnice ghetta. Informace o stavu výše zmíněných míst jsou zveřejňovány na facebooku a na webu Památníku Terezín.
Se